В настоящее время археологическая коллекция насчитывает около 250 тысяч единиц хранения - это наиболее крупное собрание нашего музея. Начало археологической коллекции музея было положено в 1890-е годы с образованием Пермского научно-промышленного музея.
Среди первых поступлений были находки из пещерных святилищ Урала и с костищ - родовых и племенных уральских святилищ периода раннего железного века. В 1920-е годы фонды музея пополнились знаменитой коллекцией уральских и европейских древностей А.Е. и Ф.А.Теплоуховых, собранной в XIX веке. Начиная с 1950-х годов в музей регулярно поступают материалы, полученные в результате раскопок, проводимых на территории Прикамья. Среди них - клад мезолитических топоров, восточное серебро X-XII вв., коллекции из раскопок могильников и первых русских поселений.
С конца XX века фонды отдела археологии пополняются материалами с памятников периода нового времени - русских городов и заводов: керамической и стеклянной посудой, украшениями, орудиями труда городского населения Урала, а также фотографиями и чертежами городских усадеб и промышленных сооружений XVII-XIX веков.